A Companhia, instituída em 1756, teve como órgão de administração, a Junta (1756-1834), a Administração (1834-1843) e a Direção (1843-1960). A partir de 1834, na sequência das disposições estatutárias e da legislação em vigor, aplicável às sociedades comerciais, passou a dispor de outros órgãos de gestão, a Assembleia-Geral (1834-1960), e o Conselho Fiscal (1864- 1960). Incorporamos, ainda, na subsecção 2.1., todas as fontes que dizem respeito à Assembleia de Credores, na sequência das convenções estabelecidas entre a Companhia e os seus credores, em 1834 e 1843, de forma a garantir o pagamento das dívidas da Instituição, uma vez que a sua institucionalização e funcionamento encontravam-se profundamente ligadas à Assembleia Geral. Optámos por considerar, dentro desta secção, cada um dos órgãos como uma subsecção
"A Companhia, pelos avisos régios de 25 de Fevereiro e 23 de Março de 1779 e de 24 de Outubro de 1825 foi incumbida das obras no rio Douro, obrigação que já lhe competia informalmente, uma vez que o aviso de 28 de Julho de 1757 já lhe cometia a obrigação de mandar quebrar e abrir os pontos, rochedos e recifes que dificultavam a navegação do rio Douro. Por alvará de 13 de Dezembro de 1788, a Companhia ficou encarregada da construção das novas estradas nas margens do rio Douro e região demarcada do Alto Douro. O decreto de 15 de Fevereiro de 1790 entregou a responsabilidade das obras e melhoramentos da barra do rio Douro à Junta da Companhia, a qual foi responsável pelas mesmas até 1834. A Companhia foi também responsável pela administração do Asilo dos naufragados de S. João da Foz do Douro e do barco salva-vidas entre 1830-1834. No que concerne à documentação que constitui esta secção, esta revela funções específicas, reguladas pela legislação referida. A Companhia adquiria o material necessário para a execução das obras, mandava elaborar estudos e projectos, aplicando os rendimentos provenientes da arrecadação dos impostos, criados para sustentarem estas obras e melhoramentos. Contratava e pagava a engenheiros e a outros empregados. Esta secção subdivide-se em quatro subsecções."
A Companhia dispunha de um juiz conservador com jurisdição privativa, que executava as ordens da Junta, e era juiz privativo das causas da mesma Companhia e dos seus oficiais. Assim como de um procurador fiscal, que promovia todas as suas causas cíveis ou penais. Ambos eram desembargadores da Relação, nomeados pela Junta, de confirmação régia. O Juízo da Conservatória tinha, ainda, um escrivão, um procurador agente, um escrivão da vara e um Meirinho para fazerem as diligências que lhes ordenava a Junta, ou o seu conservador. " Fossem aquelas causas cíveis ou penais, o Juiz Conservador da Companhia, sediado no Porto, dispunha de alçada, sem apelação nem agravo, no julgamento de causas que envolvessem montantes até cem cruzados. Nos demais casos e naqueles abrangidos pela pena de morte, embora não despachasse sozinho, dispunha de jurisdição para o fazer, numa só instância, mas em conjunto com os juízes adjuntos nomeados pelo governador da Casa da Relação do Porto. As séries documentais que constituem esta secção traduzem as competências e funções deste tribunal, consagradas nos estatutos. Encontramos a documentação produzida e recebida por esta Secção bastante fragmentada, sendo praticamente impossível, no contexto do presente Inventário, reunir os processos que manifestamente nos apareceram desmembrados. Assim, para minorar esta situação, optámos por reunir os processos de forma a tornar perceptível a cadeia de procedimentos que lhes deram origem, procurando organizá-los de forma a que os processos começassem com um requerimento e terminassem com uma sentença ou um acórdão ou, quando objecto de recurso, finalizassem com o apelo ou agravo para um tribunal de instância superior. Infelizmente, na maioria dos casos, não foi possível reunir, num só processo, todas as peças que o constituem
A Companhia, formada em 1756, gozava de amplos privilégios decorrentes do alvará da sua instituição, assim como de outra legislação específica, destinada a estabelecer e regular as suas atividades e funções. Tais privilégios cessaram em 1834, com o triunfo definitivo do liberalismo, mas, entre 1838-1852, voltou a recuperar certas funções oficiais delegadas pelo Estado. Entre 1834-1838 e 1852-1960, a Companhia funcionou como mera sociedade comercial. Esta Secção reúne toda a documentação relativa à criação da Companhia e às vicissitudes por que passou, isto é, a sua orgânica e funcionamento, a legislação alvarás, decretos, avisos, e ordens régias , os estatutos que regulamentaram a Instituição ao longo dos tempos, as consultas uma vez que a Companhia, até 1834, representava ao rei sob esta forma e os editais que publicitavam as determinações da Junta no exercício das suas funções, enquanto Empresa majestática e Instituição dotada de poderes públicos delegados pelo Estado quanto à produção e comercialização dos vinhos do Alto Douro (1756-1852)